Pada saat Satoshi dan kawan-kawan pergi menuju Kota Eisatsu, tidak sengaja Eureka menemukan seekor makhluk yang tidak memiliki data pokemon, Eureka memberinya nama Puni-chan karena tubuhnya yang kenyal. Tidak lama berselang datanglah sekawanan Geng Flare yang ingin membawa Puni-chan, mereka menyebut Puni-chan dengan sebutan Z-2. Mahkluk apakah sebenarnya Puni-chan ini? Dan bagaimanakah pertualangan Satoshi dan kawan-kawan kali ini?.